密法中生起次第中讲到，三昧耶的戒就是自己的三门要生起本尊的身语意，而且不可以逾越，如果逾越了，三昧耶戒就破了。比方说自己选了普巴金刚当作本尊，那自己的三门就是不离普巴金刚的身语意，自己就是标准的三昧耶萨埵；如果自己的三门专修观世音菩萨的身口意，那自己身口意造作一切都是观世音菩萨，如此三昧耶萨埵就是观音。
其中三昧耶萨埵与粗品质碍暂存之身同理，智慧萨埵与细微元始身极细心气体性无别安住之五光气同理，三摩地萨埵与极细心同理，（若干仪轨文中）所谓「如己之智慧萨埵」是「如具种姓主之种姓」（之义），而非说身色手帜等如己三昧耶萨埵之义；又虽说萨埵三合，然需断舍如器皿内置器物般之恶分别，有时亦可见各种有无萨埵三合（之说），故当依各仪轨本论中了知。
三昧耶萨埵是粗品的，跟我们这个暂存的身是同理，跟这个有漏、有相的身是一样的，可以看得到、摸得到。智慧萨埵是细微元始身，心气有分粗的、细的、极细的共三种。细微的心气不是心气的本体（体性），它主要是不清净的烦恼且会动摇。粗的心气（粗气）主要由鼻孔、嘴巴进出的气；细微的气主要是动摇的念头；极细微的气是细微元始气，主要是智慧的光或妙力。
而智慧萨埵是细微元始身，是极细心气的体性，也是细微元始身极细心气，它与五光的气是同理而无别安住的。三摩地萨埵与极细心同理，它是原始心（大乐的智慧）。如己（自尊）一样的对尊智慧萨埵是具足所有种姓主之种姓。而所观想的智慧尊（对尊）的身色、手帜、法器等与自己所观三昧耶萨埵（自尊）不一定是一样的，但智慧萨埵的意涵是可以代表自尊（自己）的。萨埵三合的意涵就是身、语、意同时解脱顿悟而成就的，不过萨埵三合需舍弃如器皿内放置器物般这样不好的分别念；如果对这三种观修的萨埵有这样的分别念，则萨埵三合就变成各自分开、有漏、有相的法了。
所以三种观修的萨埵在显相上是有个体的，各自分开的，实际上体性是一体的自性，所以不可以把它看成锅子（比喻三昧耶萨埵）里面放菜（智慧萨埵与三摩地萨埵）的意思。如果把三合萨埵各自分开的话，那三者都会变成实相，如果三者都互不相关就是恶的分别念，这样的分别念是要断舍的。有时各种本尊的仪轨不同，有的有萨埵三合的，有的没有，故当依自己所修各种不同本尊仪轨本论中去修持。
又，身续云：「自所出生与自身，同一誓句安住故，是谓三昧耶萨埵」以此说故，自之三门生起本尊之身语意，不逾越于彼故为「三昧耶」，明观本尊且无凡常颠倒见为「萨埵」；
观修三昧耶萨埵、智慧萨埵、三摩地萨埵的原因，是因为这些都来自于自己，自然的意思。以三合萨埵的本体来说，本体本来就住于无二当中，是无离无合、一体的；而三种萨埵的观想，现象上是个体的，本体上是不逾越、不离的意思。我们做观修本尊是因为身语意三门不清净，要把不清净的三门改为清净，所以自己的三门生起本尊之身语意就是可以净化、改造自己的三门。三合萨埵中第一个是三昧耶萨埵，名称是三昧耶萨埵就是说把自己的三门生起本尊的身语意，如果自己不懂自己的三门生起本尊身语意而离了本尊三门，就又回到不清净的身口意三门，那就逾越、破了这个三昧耶戒，所以三昧耶是这样的意思。
比方大乘里所说的戒、别解脱戒里所说的戒律的戒，在藏文里所说的发音「dom」，这个字在藏文的意思就是捆起来、绑起来的意思。行者为什么要守戒呢？因为某些行者的三毒很粗重很猛烈，所以相当危险！因此守戒可以把三毒做个约束，捆起来、绑起来；如果没办法约束了，那就逾越、破戒了。所以说要受别解脱戒的人一定是要年轻、体力好，当自己的三毒上来时，可能有破戒的危险性，是可以守这个戒的。但是如果已经身体年迈了，身体器官的功能都退化了，就没办法守戒了。
一样的意思，密法中生起次第中讲到，三昧耶的戒就是自己的三门要生起本尊的身语意，而且不可以逾越，如果逾越了，三昧耶戒就破了。比方说自己选了普巴金刚当作本尊，那自己的三门就是不离普巴金刚的身语意，自己就是标准的三昧耶萨埵；如果自己的三门专修观世音菩萨的身口意，那自己身口意造作一切都是观世音菩萨，如此三昧耶萨埵就是观音。所以如果有时候三门是本尊，一下又不是，那就变成一下守戒、一下又逾越了。自己明观本尊时且无凡夫众生的颠倒见（执着念）为「萨埵」；三昧耶就是说把自己的三门生起本尊的身语意，如果自己已经代表自己所修的本尊，而还有执着念，此时自己就不是所观的本尊了！
又其云：「本来明识显王者，是故智慧萨埵矣」，及金鬘云：「凡诸本来安住义，无误知故谓智慧」；
实际上不管是怎样的本尊，实际上都是本来的明识（本来具有的智慧）显露一下而已，因此智慧萨埵并非新的显现，而是本来具有的明识（心性）。本来明识（心性）显露出来的时候就是妙力、游舞，智慧萨埵也可以说是本初佛、本来智慧、究竟实相，它并非是有为的自性，而是无为的自性。
金鬘云：「本来安住的义我们要理解为本来智慧，如实、完全没有任何错误去了悟本来智慧时，这时就是称为智慧」。所以我们平常说人很有智慧，就是说他了解得很透彻、很清楚，了解真正有为法的实相，了悟了无为法的自性。过去佛菩萨、成就者们了悟了一切法本体空性，这就是有智慧；对所有一切万法本体空性没有了解时，我们就叫无明，圣者与凡夫的差别就是智慧跟无明。道的智慧是有为的自性，本来智慧是无为的自性，这两个是不同的，当道的智慧与本来智慧如水融入水一般无二时，就是佛果。到了佛果时，就没有本来的智慧、道的智慧的分别。
所以我们所说的基道果，在补特迦罗修持时，是有基道果的分别。但成佛后在究竟实相上是没有基道果的，跟以上说明是相同的。所以佛地佛果以上就没有本来智慧、道的智慧的分别，所以有为法跟无为法就是一体的；但在佛的果位以下是有分本来智慧、道的智慧，但如果我们有一天回到心的自性上，证悟、开悟时，就不能分别这两者了。光明上也有分基光明、道光明，或是说母光明、子光明，这之后都会再解释说明。
贝玛麻帝云：「了知本来三身本有自安之义谓『智慧』，
贝玛麻帝云：「只要我们了解自己本来就具有法报化三身，就是智慧。」但通常我们不相信，也有畏惧感，会产生各种不同的心态。一般我们一定认为我是某某某，叫什么名字，自己几岁，我的身口意目前在想什么、做什么；但自己的身口意是法报化三身的定解就很难生起跟相信。而只要我们了知自己本来具有三身，这个本来的意思：就是不管现在当下相信也好、不相信也好，自己本来就具有三身。唯一一个解释就是众生从无始劫以来的无明轮回习气太久了，就没办法相信自己本来具有三身，只熟悉自己的烦恼、习气、二取的心，因此他就算想要相信也没办法。
但过去佛菩萨、成就者们他们首先建立见解，了解自己本来就具有法报化三身，再慢慢去串习修习，最后到达成就，而这个成就也是他原本所建立的这个见解成熟而已，并不是本来没有这个三身，经过努力修习后最后才修出这个三身。如果我们要用这样观念去看待，那要修成佛果就要很久了。所以，所谓的清净见，本来三身是本来具足的，现在我们无法相信，或是相信的信心无法稳固，就是无始劫以来我们的无明习气太重。